Sinagogu u Dioklecijanovoj palači spominju neki srednjovjekovni pisani izvori, od kojih je najvažniji popis dobara splitske nadbiskupije iz 1397. godine. U njemu se u sklopu nadbiskupskog dvora navodi sInagoga. Lokacija sinagoge se opisuje uz nadsvodenu prostoriju ispod kuče pokojnog Radovana, a to značl upravo u istočnim podrumima Dioklecijanove palače. Pretpostavljamo da su na toj lokaciji sinagoga i najstarija židovska četvrt bile neprekidno korištene od antike do srednjega vijeka. U velikom požaru 1506. godne izgorio je nadbiskupski dvor, a s njime i sinagoga, nakon čega je taj dio grada dugo ostao u ruševinama.
